W dniu 1 kwietnia 2003 r. w Szpitalu im. Prof. W.Orłowskiego utworzony został Oddział Kliniczny Żywienia i Chirurgii. Ordynatorem Oddziału został dr hab.n.med. Marek Pertkiewicz. 5 grudnia 2003 r. Rektor AM w Warszawie prof. dr hab.n. med. Janusz Piekarczyk dokonał uroczystego otwarcia Oddziału w całkowicie odnowionych salach, spełniających aktualne  wymogi UE.

1 stycznia 2005 r. na bazie Oddziału powstała Samodzielna Pracownia Żywienia Klinicznego WNoZ AM w Warszawie, która z dniem 1 marca 2006 r. została zarządzeniem Rektora przekształcona w Klinikę Chirurgii Ogólnej i Żywienia Klinicznego. Kierownikiem Kliniki został dr hab. n.med. Marek Pertkiewicz.